Μεγάλο μέρος της ζωής αναγκάστηκε να το περάσει στην εξορία και συνολικά πέρασε πάνω από δέκα χρόνια στην φυλακή. Έγραψε και εξέδωσε ριζοσπαστικές και αναρχικές εφημερίδες και περιοδικά. Ήταν φίλος του Μιχαήλ Μπακούνιν. Γεννήθηκε στις 14 Δεκέμβρη του 1853 στην Σάντα Μαρία Κάπουα Βέτερε, στην επαρχία της Καζέρτα στη νότια ιταλία. Η πρώτη από μια σειρά συλλήψεων ήρθε στα δεκατέσσερά του, μετά απο ένα γράμμα που έγραψε, στο οποίο παραπονέθηκε στο βασιλιά Βίκτωρα Εμμανουήλ Β΄ για την αδικία που επικρατούσε στην περιοχή. Έγινε αυτοδίδακτος μηχανικός και ηλεκτρολόγος. Το 1872 συνάντησε το Μιχαήλ Μπακούνιν, μαζί με τον οποίο συμμετείχε στην Αναρχική Διεθνή του St. Imier. Για τα επόμενα τέσσερα χρόνια, ο Μαλατέστα προπαγάνδισε τις απόψεις της Διεθνούς στην ιταλια και φυλακίστηκε δυο φορές γι αυτές του τις δραστηριότητες.
Τον Απρίλιο του 1887, ο Μαλατέστα, ο Κάρλο Καφιέρo, o ρώσος Στέπνιακ και περίπου 30 άλλοι ξεκίνησαν μια εξέγερση στην επαρχία Μπενεβέντο, παίρνοντας τα χωριά του Λέτινο και Γκάλλο αμαχητί. Οι επαναστάτες έκαψαν τα φορολογικά κατάστιχα και κήρυξαν το τέλος της βασιλικής κυριαρχίας. Διωκόμενος ταξίδεψε στην αίγυπτο και στη γαλλία και κατέληξε στη Γενεύη της ελβετίας. Εκεί έδρασε μαζί με τους Élisée Reclus και τον Πέτρο Κροπότκιν, βοηθώντας τον τελευταίο στην έκδοση του περιοδικού «L’ Anarchia», ωστόσο σύντομα απελάθηκε και από την ελβετία, και τελικά ταξίδεψε στο Λονδίνο το 1880, διαμέσου της ρουμανίας, του Παρισιού και του βελγίου. Στο Λονδίνο ο Μαλατέστα εργάστηκε ως πωλητής παγωτού και ως μηχανικός, ενώ συμμετείχε το 1881 στη συνέλευση της Διεθνούς, που γέννησε την Αναρχική Διεθνή του St. Imier.
Είχε μια πολυτάραχη ζωή, αφιερωμένη στον επαναστατικό αγώνα για την ταξική και κοινωνική απελευθέρωση από τα δεσμά της κυριαρχίας. Ταξίδεψε σε πολλές χώρες, σε όλο τον κόσμο, συνήθως διωκόμενος ή εξορισμένος. Συμμετείχε με ζέση στην ίδρυση επαναστατικών εργατικών ενώσεων και συνδικάτων, καθώς και στην σύνταξη και έκδοση πολλών αναρχικών εφημερίδων και περιοδικών. Μετά τον 1ο Παγκόσμιο Πόλεμο επέστρεψε οριστικά στην ιταλία. Δυο χρόνια μετά τον γυρισμό του, το 1921, η ιταλική κυβέρνηση τον φυλάκισε ξανά, αν και αφέθηκε ελεύθερος δυο μήνες πριν οι φασίστες ανέβουν στην εξουσία. Από το 1924 μέχρι το 1926, όταν ο Μπενίτο Μουσολίνι φίμωσε όλα τα ανεξάρτητα μέσα, ο Μαλατέστα, παρόλο που δεχόταν απειλές και η δημοσιογραφία βρισκόταν υπό κυβερνητική λογοκρισία, εξέδωσε το περιοδικό «Pensiero e Volontà». Πέρασε τα υπόλοιπα χρόνια της ζωής του μέσα σε μια σχετική ηρεμία, επιβιώνοντας από την δουλειά του ηλεκτρολόγου. Αφού υπέφερε αρκετά χρόνια από το αδύναμο αναπνευστικό του σύστημα, απέκτησε βρογχοπνευμονία από την οποία και πέθανε έπειτα από μερικές εβδομάδες. Απεβίωσε την Παρασκευή 22 Ιούλη του 1932.
- Αναλυτική εξιστόρηση της πολυτάραχης ζωής του και συνοπτική καταγραφή των επαναστατικών του θέσεων: https://manifesto-library.espivblogs.net/2017/12/21/malatesta/
- Μερικές δεκάδες από τα έργα του, που έχουν μεταφραστεί στα ελληνικά : https://manifesto-library.espivblogs.net/2017/12/21/malatesta-books/